Sull’isola domina un clima caldo e temperato, con una temperatura media annua di 17,8 °C. Filicudi è stata coltivata per diversi secoli, come testimoniano i terrazzamenti abbandonati presenti su quasi tutta l’isola, prevalentemente nell’area compresa tra Monte Palmieri, Riberosse e Valle Chiesa, oltre che nel versante meridionale ed occidentale. In queste antiche zone coltivate si è insediata una vegetazione con specie infestanti quali avena, trifoglio stellato e glomerato. Sono, inoltre, presenti ginestre e specie xerofile riferibili all’associazione Oleo-Euphorbietum dendroidis. Quanto all’avifauna nei pressi della Grotta del Bue marino è visibile una colonia di rondone pallido, mentre gli anfratti rocciosi e le piccole grotte di questo tratto di costa offrono rifugio a numerose coppie di piccione selvatico. L’isola era regno della foca monaca, scomparsa da Filicudi nel 1937, anno in cui viene documentato l’abbattimento dell’ultimo esemplare, presso la Grotta del Bue marino. Sulla costa settentrionale è invece ubicata un’eccezionale colonia di falco della regina, composta da diverse coppie nidificanti. Circa 735 ha rientrano nel SIC ITA030024 denominato “Isola di Filicudi”, mentre l’intera isola rientra nella ZPS ITA030044 “Arcipelago delle Eolie-area marina e terrestre”. È presente la Riserva Naturale Orientata “Isola di Filicudi e scogli Canna e Montenassari”, la cui gestione è affidata all’azienda Regionale Foreste Demaniali. L’intera isola come le altre è Patrimonio dell’UNESCO.